Кафедрами факультета ведётся подготовка специалистов по следующим специальностям и программам подготовки магистров:

Направление 270100 «Строительство»
270109 «Теплогазоснабжение и вентиляция»
Специальность даёт широкую возможность выбора работы в области проектирования, строительства, наладки и эксплуатации систем тепло- и газоснабжения населённых пунктов и промышленных предприятий, систем вентиляции и кондиционирования воздуха зданий различного назначения.
Программа подготовки магистров
270100.68.10 «Системы обеспечения микроклимата зданий и сооружений»
270100.68.11 «Теплогазоснабжение населенных мест и предприятий»

270104 «Гидротехническое строительство»
Выпускникам данной специальности предоставляется практически неограниченная возможность выбора сферы профессиональной деятельности: проектирование, строительство и реконструкция объектов водохозяйственного, гидроэнергетического, промышленного и гражданского строительства. Выпускники участвуют в строительстве мостов, причалов, портов, гидроэлектростанций.
Программа подготовки магистров
270100.68.03 «Речные и подземные гидротехнические сооружения»

270112 «Водоснабжение и водоотведение»
Специалисты данного направления занимаются проектированием, эксплуатацией и реконструкцией сооружений и комплексов для забора, очистки воды питьевого и промышленного назначения
Программа подготовки магистров
270100.68.12«Водоснабжение городов и промышленных предприятий»;
270100.68.13 «Водоотведение и очистка сточных вод»
Специальности 270104 «Гидротехническое строительство» и 270112 «Водоснабжение и водоотведение» аккредитованы Международными институтами инженеров гражданского строительства и инженеров-конструкторов на уровне магистра инженерных дел. «Сертификат магистра» имеет признание в 138 странах мира.

Направление 280300 «Водные ресурсы и водопользование»
280302 «Комплексное использование и охрана водных ресурсов»
Сфера профессиональной деятельности выпускников этой специальности включает водные природные объекты - океаны, моря, реки, озера, поверхностные и подземные воды. Инженеры по комплексному использованию и охране водных ресурсов работают на всех объектах промышленности и сельского хозяйства, где используется вода или контролируется её качество (станции водоподготовки, очистные станции сточных вод, экологические службы предприятий, органы контроля водных объектов, гидротехнические сооружения, хозяйственно-бытовые службы городов и поселков и др.).

Студенты инженерно-экологического факультета проходят следующие виды практик:
• геодезическая;
• гидрометрическая;
• климатологическая и метеорологическая;
• гидрологическая и геологическая;
• производственная;
• преддипломная.

Места прохождения практик и трудоустройства:
• ЗАО «Новосибжилстрой-2»
• МУП «Горводоканал» г. Новосибирска
• ООО «Проспект», г. Новосибирск
• Управление Росприроднадзора по НСО
• «Сибречпроект»
• «Сибгидромехстрой»
• «Уренгойгидромеханизация»
• Департамент природных ресурсов
• ЗАО «Сибтехмонтаж»
• ЗАО «Кей Си Групп»
• ОАО «Новосибирскгортеплоэнерго»